特に在宅で仕事を行う場合、「仕事とプライベートの区別がつきにくい」という問題が噴出しました。
「何時から何時までが就業時間なのか」があいまいになり、明らかに就業時間外でも対応しなくてはならないという事象も見えています(これは日本に留まらず他国でも見られる事象であることは、別のブログで述べた記憶があります)。

これは、労働基準法に起因する点があり、働いた時間に対して賃金を支払うという原理原則によって起きた問題です。

1947年に施行した労働基準法は、職場で働いた時間に応じた賃金を支払うのが大原則です。工場労働をベースにしており、労働時間と仕事の成果が比例するという発想に基づいています。

例えば、9:00~18:00が就業時間(休憩１時間)であれば１日の労働時間は８時間となり、８時間分の賃金が支払われるという制度です。最近では始業と終業の時間を決めないフレックスタイム制を採用する会社も増えていますが、この場合も１日の平均労働時間は変わりません。

極論すれば、成果が上がっているいないに関わらず働いた時間だけは必ずお給料がもらえるという制度なのです。

オフィスに出社していれば、そこにいる時間(始業、終業の前後で仕事をしていない時間はありますが)が就業時間であり、所定労働時間を超えた部分は残業ということで割増賃金をもらえます。
なぜ、テレワークでは残業を認めていない企業が存在するのでしょうか？

労働時間は「企業の指揮命令下に置かれている時間」を指すと法律には定められています。残業は従業員が自分の判断のみで行うことはできず上司の事前承認が必要となります。オフィスのような感覚で上司に残業を申請しにくいという事情があるようです。

お互いすぐそばにいるオフィスと違い、上司は部下の勤務態度が観察できず相互不信から監視しすぎることによる「リモハラ(リモートハラスメント)」という言葉も生まれています。
上司が部下に対して「ちゃんと働いているのか」という不信感を持っている限り残業を認めることは難しいと思われます。